Durante la dinastía Ming, China ya incluyó las Islas Diaoyu en zona de su defensa contra la invasión de los piratas japoneses en la costa sureste. En 1561 (40° a?o del reinado del emperador Jiajing de la dinastía Ming), el Compendio ilustrado sobre la protección marítima (Chou Hai Tu Bian), compilado por el geógrafo Zheng Ruozeng con el patrocinio de Hu Zongxian, comandante supremo de la defensa costera sureste de la corte Ming, incluyó explicitamente a las Islas Diaoyu en el Mapa de las monta?as y arenas costeras (Yan Hai Shan Sha Tu) y las incorporó a la jurisdicción de la defensa costera de la corte Ming. En el Mapa completo del territorio marítimo unificado para la defensa costera (Qian Kun Yi Tong Hai Fang Quan Tu), elaborado por Xu Bida entre otros en 1605 (33°a?o del reinado del emperador Wanli de la dinastía Ming) y el Tratado sobre preparaciones militares·Defensa costera II·Mapa de las monta?as y arenas costeras de Fujian (Wu Bei Zhi·Hai Fang Er·Fu Jian Yan Hai Shan Sha Tu), elaborado por Mao Yuanyi en 1621 (primer a?o del reinado del emperador Tianqi de la dinastía Ming), las Islas Diaoyu fueron también incluidas como parte del mar territorial de China.
La corte Qing no sólo continuó incorporando las Islas Diaoyu a la jurisdicción de la defensa costera de China como la corte Ming, sino que también las puso claramente bajo la administración del gobierno local de Taiwan. Los documentos oficiales de la corte Qing, como Anales de la Prefectura de Taiwan (Tai Wan Fu Zhi), y Un tour de servicios en el Estrecho de Taiwan (Tai Hai Shi Cha Lu), redactado por Huang Shujing, entre otros, dieron cuentas detalladas relativas a la administración de China sobre las Islas Diaoyu. En el 86°tomo de Anales recopilados de Fujian (Chong Zuan Fu Jian Tong Zhi), escrito por Chen Shouqi y publicado en 1871 (décimo a?o del reinado del emperador Tongzhi de la dinastía Qing), las Islas Diaoyu eran consideradas como uno de los puntos estratégicos de la defensa marítima y fueron incluidas en el territorio administrado por Gamalan, actual distrito de Yilan, en la provincia de Taiwan. En Ilustración completa de Taiwan (Quan Tai Tu Shuo), elabarado por Zhou Maoqi en 1872, también hay descripciones sobre las Islas Diaoyu.